Sau nhiều năm mai danh ẩn tích, bộ Tứ Ninja Rùa giờ đây đã trưởng thành với võ nghệ cao cường hơn, chín chắn hơn, đoàn kết hơn và vẫn dưới sự dìu dắt của sư phụ Chuột nhưng cái Ác thì vẫn còn đó và bắt đầu quay trở lại với nhiều sự việc khác thường xảy ra tại thành phố New York mà bàn tay điều khiển chúng là của một tay trùm công nghiệp có dã tâm lớn, Max Winters, hắn đang xây dựng một đạo quân quái vật hung tàn với ý định điên cuồng là làm chủ cả thế giơí. Không thể \'nhắm mắt làm ngơ\', các Hiệp sĩ Ninja Rùa của chúng ta lại ra tay trừ gian diệt bạo.