Nhân vật chính của The Mortal Instruments: City of Bones là cô gái trẻ xinh đẹp Clary Fray. Cũng giống như bao nữ sinh đồng trang lứa khác, Clary sống yên bình cùng gia đình ở thành phố New York hoa lệ, sôi động. Một ngày, cô phát hiện ra khả năng đặc biệt của mình - nhìn thấy những thanh niên mang kiếm với trang phục kỳ lạ. Những người này đi khắp thành phố để tiêu diệt ma cà rồng, người sói, phù thủy đội lốt con người.

Một buổi tối tình cờ, Clary đến vui chơi ở bar và vô tình trở thành nhân chứng vụ giết người do ba thiếu niên có hình xăm kỳ quái gây ra. Từ ngạc nhiên tới sững sờ, Clary phát hiện ra mình là một chiếc binh mang trong mình nửa dòng máu người thường, nửa dòng máu thiên thần và có tên gọi là “shadowhunter” (thợ săn bóng tối). Khi mẹ của Clary bị lũ quỷ bắt cóc để tìm chén thánh, cô gia nhập đội quân chiến binh chống lại thế lực xấu xa bảo vệ cho Trái Đất và tìm lại mẹ…