"Pokemon Heroes" tìm thấy nhân vật chính của chúng ta, một Ash Ketchum, luôn hiện diện của mình Pikachu, và những người bạn Misty và Brock đi du lịch thông qua các thành phố như Venice-Alto Mare. Người ta nói rằng Alto Mare được bảo vệ bởi các linh hồn của các anh, chị, em ruột Pokemon Latios (anh trai) và Latias (chị em), người có cha, dài trước đây, đưa nước vào thành phố và lưu dân từ Pokemon giả đã bị khủng bố thành phố. Một lần nữa, Alto Mare là gặp nguy hiểm, nhưng mối đe dọa đến không quá nhiều từ Pokemon ác, nhưng từ Team Rocket bao giờ nguy hiểm. Tuy nhiên, nó không phải là Jessie mò mẫm, James và Meowth (và bây giờ cũng Wobbuffet) người đặt ra mối đe dọa, nhưng duyên dáng và phong cách Annie và Oakley xem xét để loại trừ Alto Mare (và cuối cùng trên thế giới) và nắm bắt Latios và Latias đến nay ông chủ Team Rocket làm giải thưởng. Latias, những người đã được di chuyển trong các thành phố cải trang thành một cô gái địa phương, có một bóng cho Ash, người chắc chắn sẽ trở thành tham gia vào cuộc đấu tranh của các anh, chị, em ruột với Annie và Oakley cho số phận của Alto Mare. Ash và bạn bè của mình có thể giúp Latias và Latios bảo vệ Alto Mare khỏi điều ác của Annie và Oakley?