HITMAN: AGENT 47 được giới thiệu như một sát thủ chuyên nghiệp với những khả năng phi thường, luôn kiết liễu các đối tượng được giao ám sát. Anh ta là một sát nhân máu lạnh và hoàn toàn không có quá khứ, mật danh “47” của anh cũng chỉ được biết từ hai con số được ghi trong mã vạch bí ẩn được xăm đằng sau gáy. Trong phần này, bí mật được hé lộ khi “47” chính là một người nhân tạo được biến đổi gien, là sản phẩm cuối cùng từ một dự án khoa học nhằm tạo ra một đội quân siêu hạng với sức mạnh, tốc độ, sự dẻo dai và trí thông minh vượt trội người thường. Nhưng tất cả những sự thử nghiệm trước đó đã thất bại, và anh chính là sản phẩm thành công duy nhất còn sót lại. Giờ đây “47” phải vừa chống lại sự săn đuổi từ các thế lực muốn tiếp tục dự án kia, vừa tìm hiểu về nguồn gốc của mình, và manh mối dẫn anh đến chính con gái của nhà khoa học chịu trách nhiệm về dự án năm xưa, hai người quyết định hợp tác để giải mã sự thật.