Pokemon: Lucario And The Mystery Of Mew tiếp tục câu chuyện của Ash và các bạn. Ash, Pikachu và bạn bè đi du lịch đến Cameron Palace, là trung tâm của một vương quốc có truyền thuyết kể về một anh hùng bảo vệ vương quốc khỏi chiến tranh. Theo truyền thuyết đó là một vị anh hùng mạnh mẽ, tên Lucario. Bất ngờ một Pokemon đã bất ngờ xuất hiện từ một di tích lịch sử khi Ash đặt tay của mình lên di tích đó . Đồng thời, cũng trong thời gian đó Pikachu bị bắt cóc và đưa tới chỗ "Tree of Beginning" nơi Aaron bảo vệ vương quốc. Ash muốn Pikachu quay lại và nhận một sứ mệnh từ " Tree of Beginning", nơi họ sẽ khám phá ra nhiều điều bất ngờ...