Trong phần này, cuộc hành trình của nhân vật chính Ash lại tiếp tục. Ash, Pikachu và các bạn của cậu tham gia một buổi biểu diễn xiếc và phát hiện ra một pokemon tựa như viên đá pha lê. Pokemon này là một trong hai Pokemon sự kiện huyền thoại của thế hệ III, Jirachi được biết đến để ban tặng những điều ước được viết trên các thẻ trên đầu của nó mỗi lần nó thức giấc: một lần mỗi thiên niên kỷ. Nhưng tại sao nó lại kêu gọi sự giúp đỡ từ Ash và các bạn của cậu? Lần này Ash sẽ đương đầu với những thế lực gì? Bí mật của Pokemon kia có được tiết lộ