Pokemon Heroes: Latios And Latias là cuộc hành trình đến vùng đất mới của cậu bé Ash Ketchum. Cuộc hành trình này bắt đầu từ truyền thuyết mảnh vụng trái tim của hai Pokemon mộng ảo Latios và Latias - thần hộ mệnh của thành phố Altomare. Ash Ketchum cũng những người bạn của cậu đang tham gia cuộc đua Pokemon nước tại Thành Phố Nước (Altomare). Lúc này, Annie và Oakley tìm cách trộm viên ngọc. Viên ngọc hoạt động như một chìa khóa để kích hoạt các cơ chế quốc phòng của Altomare, một thiết bị đặc biệt được xây dựng trong trường hợp thiên tai. Nhưng giờ đây, vì nó, một lần nữa, Altomare là gặp nguy hiểm... Liệu Ash Ketchum và những người bạn của mình sẽ làm gì để giải thoát thành phố Altomare?