Mew là một Pokemon huyền thoại, nắm giữ một sức mạnh vô địch, vượt lên trên các Pokemon huyền thoại khác. Một trung tâm nghiên cứu đã tìm được một hóa thạch sợ lông mi của Mew, lấy ADN và bắt đầu tái bản mang tên Mewtwo. Sau khi Mewtwo dc tái bản, vì không kiểm soát dc sức mạnh của mình, Mewtwo đã phá tan hòn đảo New Ilend, nơi mà các nhà nghiên cức khoa học đã tạo ra nó. Sau đó, một vài đối tượng đã lợi dụng sức mạnh của Mewtwo để thống trị thế giới. Mewtwo nhận ra là mình bị lợi dụng bởi con người, hắn lên kế hoạch trả thù con người. Xây dựng một hội quán ở giữa đảo. Mời các nhà huấn luyện xuất sắc đến và tiến hành "nhân bản" các pokemon của họ. Mewtwo cho các pokemon nhân bản và pokemon thật giao đấu để tìm ra thế lực nào mạnh hơn. Mew cũng tìm đến đó. Đó là trận đấu giữa các pokemon thật và giả, kể cả Mew và Mewtwo. Cuối cùng Asd/Satoshi chấp nhận hy sinh để dự lại trận đấu này. Các Pokemon cảm động, nhờ nước mắt và sự cảm thương của các pokemon đã cứu sống được cậu bé. Mewtwo quyết định dừng cuộc chiến và đem các pokemon nhân bản đến một nơi nào đó mà họ có thế sinh sống