Vào năm 1999, một phi thuyền không gian rớt xuống trái đất mang theo trong mình những công nghệ vượt bậc nhưng mỉa mai thay lại chính lại là nguyên nhân dẫn đến cuộc chiến giữa Chính Phủ Liên Hiệp Quốc và Liên Minh Chống LHQ để tranh giành quyền kiểm soát của phi thuyền này. Shin Kudou, một phi công lái máy bay chiến đấu F-14 của phe LHQ, nhân vật chính của câu chuyện này bị bắn hạ bởi một chiến đấu cơ tiên tiến mới nhất của Liên Minh Chống LHQ và trôi dạt đến một hòn đảo lạ, nơi mà anh sẽ là người tìm ra những bí ẩn thật sự của Phi Thuyền Ngoài Không Gian nói trên và lời sấm truyền về Ngày Tận Thế.