Câu chuyện xảy ra vào năm 2027, một năm sau khi kết thúc cuộc chiến tranh phi hạt nhân thứ tư. New Port, Thành phố vẫn còn chao đảo vì hậu quả của chiến tranh khi nó phải gánh chịu một vụ đánh bom gây ra bởi một tên lửa tự hành.

Sau đó, một thành viên quân sự liên quan đến hối lộ bị bắn hạ. Trong quá trình điều tra, cảnh sát Daisuke Aramaki thuộc khu vực Motoko Kusanagi, các hacker cyborg giao cho đơn vị 501 bí mật của quân đội. Batou, một người đàn ông với "đôi mắt không ngủ," nghi ngờ rằng Kusanagi là người đứng sau vụ đánh bom....