Cậu bé Kubo thông minh, tốt bụng cố gắng trang trải qua ngày bằng cách kể những câu chuyện thần thoại cho những cư dân sống tại ngôi làng nhỏ ven biển. Tuy nhiên, cuộc sống bình lặng của cậu nhanh chóng đảo lộn khi cậu vô tình triệu hồi một hồn ma huyền thoại từ quá khứ của mình, vốn từ thiên đường xuống hạ giới để thanh toán một món nợ máu có từ ngàn xưa. Phải lên đường trốn chạy, Kubo gặp gỡ hai người bạn Khỉ (Charlize Theron) và Bọ (Matthew McConaughey), cả ba cùng nhau trải qua chuyến hành trình ly kỳ nhằm giải cứu gia đình và giải đáp bí ẩn xung quanh người cha đã khuất của cậu, vị chiến binh samurai vĩ đại nhất mà thế giới từng biết đến. Với sự giúp sức của shamisen, một loại nhạc cụ thần thông, Kubo phải chiến đấu với cả thần thánh lẫn quái vật, trong đó có vị Nguyệt Đế (Ralph Fiennes) và Tỷ Muội sinh đôi độc ác (Rooney Mara), mới có thể vén bức màn bí mật về di sản của mình, đồng thời đoàn tụ với gia đình và hoàn thành sứ mệnh anh hùng.