Đội bóng rổ trường sơ trung Teikou, một đội bóng huyền thoại với chiến tích bất bại. Họ được mệnh danh là “Generation of Miracles”. Tuy nhiên có một sự thật ít người biết đến là Kuroko Tetsuya, cầu thủ số 6 này được mệnh danh là "Bóng ma".

Khi lên cao trung, cậu chuyển đến một ngôi trường với đội bóng rổ vừa mới được thành lập năm ngoái. Tại đây, Kuroko đã kết bạn với Kagami Taiga – một cầu thủ tài năng chuyển về từ Hoa Kỳ. Cả hai đều có mục tiêu là hướng đến chức vô địch Nhật Bản, để làm được điều đó họ phải đánh bại lần lượt từng người một trong “Generation of Miracles”, những đồng đội cũ của Kuroko.

Nội dung của phần 3 sẽ kể về những sự việc diễn ra sau gần 2 tháng kể từ ''Trận đấu sống còn'' giữa hai trường trung học Seirin và Yosen trong tập cuối của season 2.