Nội dung phim Huyền Bí Dưới Biển Xanh - Detective Conan: Jolly Rogers In The Deep Azure Lần này, Conan lại gặp phải một vụ án rắc rối. Và vụ án này bắt nguồn một truyền thuyết về hòn đảo Koumijima, một hòn đảo đẹp nằm trên biển Thái Bình Dương. Truyền thuyết nói rằng có một ngôi nhà cổ nằm dưới đáy biển được gọi là "Biệt thự dưới đáy biển" cùng với 2 nữ cướp biển, "Anne Bonney" và "Mary Read", họ đã để lại số kho báu từ khoảng 300 năm trước. Conan cùng mọi người đi tới đảo Koumi nghỉ mát thì gặp phải những kẻ đang săn lùng kho báu. Một trong những gã đó khi đang tìm kiếm "Biệt thự dưới đáy biển" thì bị cá mập tấn công rồi chết. Sau đó họ phát hiện rằng máu của cá đã được trét lên người gã thợ săn để dụ dỗ cá mập. Với manh mối đó, Conan và mọi người bắt đầu vào cuộc điều tra hung thủ đang đứng đằng sau mọi việc.
,