Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ]

7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên bình nơi mà Flit Asuno sống. Khi Flit mất đi mẹ của mình trong cuộc chiến, cậu được giao phó cho "AGE Device," một thiết bị lưu trữ trí nhớ được lưu truyền qua nhiều thế hệ trong gia đình của cậu. Trong thiết bị có lưu lại bản thiết kế của "Gundam," một mobile suit cổ đại được biết đến như đấng cứu thế. Furitto quyết tâm tạo nên Gundam.

Năm A.G. 115, Flit lúc này đã 14 tuổi đang ở căn cứ Arinsuton của Earth Federation tại colony Nora. Suốt 7 năm, Flit liên tục phát triển Gundam với các kỹ sư của căn cứ, và cuối cùng, Gundam cũng được hoàn thành. Chiếc Gundam được trang bị hệ thống AGE System, cho phép đơn vị được tự do tiến hóa. Tuy nhiên, the UE đã xuất hiện ở Nora, và Flit phải chiến đấu trong chiếc Gundam mà cậu tự mình xây dựng.