Phim kể câu chuyện lạ lùng về Nam Linh, một hồn ma già bị điều khiển bởi nhóm ma tuổi teen siêu quậy, để rồi phát hiện ra bí mật của những đứa trẻ đáng thương, trong đó có con trai mình.
Không chỉ là một con ma sợ ma nhất, Nam Linh mà còn là một nhà văn chuyên viết truyện bạo lực cho teen nhưng lại chẳng hiểu gì về teen, một người cha yêu con nhưng hoàn toàn xa lạ với con trai mình. Bao điều đáng tiếc xảy ra trong cuộc sống bởi sự xa cách, thiếu hiểu biết ấy.


Cuộc phiêu lưu của Nam Linh theo chân những con ma teen siêu quậy, hóa ra lại là con đường ngắn nhất để thâm nhập vào thế giới đầy uẩn ức của tuổi teen: nghiện web, yêu sớm, bi kịch gia đình, bạo lực học đường, và tận cùng là tìm đến cái chết… Bi kịch mỗi người mỗi khác nhưng từ sâu thẳm, bất cứ ai cũng cần có tình yêu cuộc sống và sự cảm thông giữa người với người.


Được quay hoàn toàn bằng công nghệ 3D tân tiến, Bóng ma học đường đánh dấu bước tiến của điện ảnh Việt Nam bắt kịp với xu hướng làm phim 3D trên thế giới. Hiệu ứng hình nổi 3 chiều kéo dài suốt bộ phim. B
ộ phim cho khán giả cảm giác gần đến mức có thể chạm tay vào những ngôi sao được hâm mộ như Hoài Linh, Hoàng Sơn, WanBi Tuấn Anh, Elly Trần, Đinh Ngọc Diệp, Tim, Trương Quỳnh Anh, Thiên Minh...