"Bộ Tứ Ninja Rùa"  xoay quanh những câu chuyện hài hước, dễ thương nhưng không kém phần sâu sắc của bốn anh em nhà rùa. Lần đầu tiên rời khỏi hang, bộ tứ nhanh chóng chạm trán ngay với cuộc sống của một New York ồn ào, hào nhoáng nhưng cũng không ít bất ổn, tranh chấp của các thế lực thù địch. Chúng gặp phải nhiều kẻ thù vô cùng nguy hiểm, nhưng chính trong hoàn cảnh đó bộ tứ cũng khám phá được vô số điều thú vị, điển hình như: bánh pizza là thứ thức ăn mới mẻ và ngon chưa từng thấy...