Phần 6 bắt đầu và kết thúc lúc 6:00 sáng. Sau nhiều cuộc đàm phán và nhượng bộ của Tổng thống Wayne Palmer, Trung Quốc trả Jack Bauer về Hoa Kỳ nên anh ta có thể đầu hàng Abu Fayed , người đang cố gắng để đối thủ Hamri al-Assad đưa ra cáo buộc sai trái khiến anh phải chịu trách nhiệm cho nhiều cuộc tấn công khủng bố trong 11 tuần trước đó.

Khi phát hiện sự thật, Jack trốn thoát, và với sự giúp đỡ của ông Assad (những người thực sự có ý định từ bỏ chủ nghĩa khủng bố và muốn có một nền hòa bình với Hoa Kỳ), đang dẫn đầu cuộc săn tìm Fayed. Phân công của Jack liên quan đến việc cản trở Fayed, đảm bảo một số va li vũ khí hạt nhân. Cùng với một chuyên gia Mỹ ra trước công lý để ngăn chặn quy mô xảy ra xung đột hạt nhân.